La parte absidale della chiesa — caratterizzata dalla terminazione piana, elemento tipico dell’architettura cistercense e umiliata — conserva ancora oggi alcune tracce di affreschi risalenti alla fase precedente l’ampliamento seicentesco.
L’area era stata profondamente rinnovata nella seconda metà del Quattrocento, quando Pigello e Azzareto Portinari finanziarono la costruzione della cappella maggiore, della sacrestia, degli armadi e del capitolo. La sacrestia quattrocentesca, edificata intorno al 1460, presentava una splendida volta a vela dalle proporzioni classiche, su peducci scolpiti con figure di apostoli, profeti e motivi vegetali. L’ampliamento successivo ne troncò una parte sul lato ovest, inglobandola nel nuovo assetto absidale.
Le insegne Portinari murate oggi all’esterno dell’abside provengono proprio dagli ambienti demoliti o modificati durante questi interventi.

La cappella quattrocentesca era più piccola di quella attuale. Un disegno nella raccolta Bianconi mostra un ambiente rettangolare con due sporgenze laterali che separavano presbiterio e coro.

Nel 1500, a pochi anni dall’elevazione della chiesa al rango di abbazia (1498), si rese necessario ampliare il coro per accogliere il crescente numero di monaci.

Il consigliere ducale Francesco Visconti, nominando il monastero erede universale, destinò per testamento 2000 ducati alla costruzione di una nuova abside.
Il progetto non fu però realizzato: grazie al benestare papale, i religiosi destinarono la somma alla costruzione del nuovo chiostro, come ricorda il Puccinelli, che attesta la data 1509 dipinta nel refettorio.

L’intervento venne realizzato nel 1571,  quando con l’abate Paolo Orio si avviò un vasto cantiere che ridisegnò completamente l’area presbiteriale.

L’abside venne allungata fino alla strada retrostante e la cappella maggiore assunse l’attuale conformazione: due ambienti consecutivi, con presbiterio coperto da una cupola e coro voltato a botte lunettata.

La cappella assunse così l’assetto odierno.

Dal 1640 l’abate Giulio Redaelli avviò un profondo rinnovamento in stile barocco.

I documenti dell’Archivio di Stato attestano che:

• nel 1643 Carlo Canavese e Carlo Garavaglia realizzarono il nuovo coro intagliato;
• nel 1644 Camillo Alsona e Johann Christoph Storer furono incaricati delle pitture murali che decoravano l’intera cappella.

Negli anni Settanta del Seicento si aggiunsero i grandi dipinti su tela:

• San Pietro cammina sulle acque (Andrea Lanzani)
• San Benedetto accoglie San Mauro e San Placido fanciulli (Giovanni Evangelista Draghi)
• Martirio di San Placido e Santa Fulvia (Carlo Sacchi)

Nel coro sono presenti anche il Martirio di San Paolo e il Martirio di San Pietro, attribuiti a Carlo Preda.

Le fotografie storiche mostrano un fastoso apparato di stucchi bianchi con putti, cartigli e festoni, in continuità con trabeazioni e capitelli barocchi.

Nel 1740 l’abate Gerolamo Arrigoni fece realizzare il nuovo altare maggiore in marmi policromi con rifiniture in bronzo, arricchendo ulteriormente la scenografia liturgica della cappella.

Durante la Seconda guerra mondiale, la cappella subì danni devastanti: il coro fu completamente distrutto e — secondo una testimonianza tramandata — il legno recuperato dalle strutture venne utilizzato per scaldare le abitazioni durante i mesi più difficili del conflitto.
Le grandi tele furono invece salvate grazie alla loro rimozione preventiva, come documentato negli archivi storici della Soprintendenza di Milano.

I restauri del dopoguerra eliminarono l’intero apparato barocco, lasciando le pareti spoglie e riportando alla luce alcuni frammenti di affreschi tardo-cinquecenteschi nelle lunette e nelle nicchie dell’abside.

Le decorazioni sono riconducibili al periodo compreso tra il 1571 e il 1640, ossia tra l’avvio del grande ampliamento e la successiva stagione barocca. Si tratta di frammenti significativi, che documentano la fase artisticamente più sobria e meditativa del tardo Cinquecento, prima dell’intervento dei pittori seicenteschi.