Nel contesto dell’architettura quattrocentesca, essenziale e accogliente, tante sono le suggestioni cromatiche e le espressioni dei personaggi che animano le importanti opere pittoriche, eseguite da maestri lombardi come Zenale, Butinone, Bergognone, de’ Conti, Montorfano, Caravaggino, Crespi, anche se non sempre ben inquadrabili criticamente.

In particolare, i cicli pittori quattrocenteschi che decorano le cappelle, frutto delle commissioni provenienti dagli illustri personaggi della corte dei duchi milanesi della famiglia Sforza e altri storici personaggi legati al centro benedettino, sono molto preziosi e fortemente minacciati dal degrado. Questi dipinti murali narrano le “Storie” della Vergine, di Sant’Ambrogio, di S. Giovanni Battista, di S. Antonio Abate, di S. Martino e di S. Mauro.