Nel 1464 la cappella fu concessa al cavaliere perugino Mariotto Obiano, che la restaurò e la destinò a sua sepoltura nello stesso anno. Dieci anni più tardi la moglie, Antonia Michelotti, lasciò per testamento duecento scudi affinché il luogo fosse ornato: gesto che segna l’inizio di un legame profondo tra la famiglia Obiano e la vita del cenobio.

La decorazione venne avviata negli anni Ottanta del Quattrocento per iniziativa dei monaci di San Pietro in Gessate.
L’incarico fu affidato a Giovanni Donato Montorfano, protagonista della stagione pittorica milanese di fine secolo e autore, poco dopo, della celebre Crocifissione del refettorio di Santa Maria delle Grazie.

L’iconografia della cappella celebra il mondo benedettino e le sue radici spirituali: la vita eremitica, la disciplina dei primi padri del deserto, l’eredità di Sant’Antonio Abate. Per questo, il sottarco e la volta accolgono figure di monaci ed eremiti, immerse in un paesaggio ideale che suggerisce contemplazione e ascesi.

La volta è decorata da un intenso pergolato policromo — rosso, giallo, blu e verde — i colori dell’arcobaleno, simbolo della visione beatifica e della promessa divina. Un cielo mistico e architettonico insieme, che avvolge l’intero spazio liturgico.

La paternità degli affreschi fu a lungo dibattuta. Fin dal XIX secolo diversi studiosi evidenziarono analogie con le opere del Montorfano alle Grazie, proponendo di assegnargli l’intero ciclo. Gli studi più recenti hanno confermato questa lettura, suggerendo la presenza di collaboratori — consuetudine tipica delle grandi imprese a fresco — e richiamando anche i documentati rapporti tra la famiglia del pittore e il cenobio.

Un’unica voce discordante attribuì la cappella al pittore Gottardo Scotti, attivo tra Piacenza e Milano; ipotesi oggi considerata minoritaria ma utile a comprendere la complessità della bottega milanese quattrocentesca.

Nel 1930 la cappella è ancora ricordata come dedicata alla Madonna. Sull’altare si conserva la pala con la Madonna in trono col Bambino, accompagnata da un angelo musicante, da San Benedetto e Sant’Antonio Abate, oltre a Cristo in pietà tra angeli, San Sebastiano e San Rocco.
La tela — probabilmente del Montorfano — imita la struttura di un polittico a due ordini e presenta nel registro inferiore i ritratti dei donatori: Mariotto Obiano e Antonia Michelotti, protagonisti della storia spirituale e artistica della cappella.